本中心标本室目前收藏有无脊椎动物标本3万余号，由于许多标本还亟待整理，标本数量还在进一步增加中，标本类群涵盖广，涉及农林害虫标本、观赏昆虫标本、天敌昆虫标本、有害陆生贝类标本、蜘蛛标本等。

目前收藏有昆虫、蜘蛛和陆生贝类模式标本140余号，共涉及14个科。昆虫纲主要涉及鞘翅目、鳞翅目、广翅目、脉翅目、蜚蠊目等类群。收藏范围囊括我国包括港台在内的所有省市，同时也包括许多海外标本，如越南、泰国、老挝、印度、马来西亚、印度尼西亚、美国、马达加斯加、澳大利亚等国家的标本。